Lietuvai, tapusiai Europos Sąjungos (ES) nare, atsivėrė realios galimybės pasinaudoti ES struktūrinių fondų parama kaimo plėtrai bei žuvininkystei ir taip kartu su visomis ES valstybėmis narėmis siekti vieno svarbiausių ES tikslų – ekonominės ir socialinės sanglaudos. ES struktūrinių fondų parama Lietuvai buvo skiriama pagal Lietuvos 2004–2006 metų bendrąjį programavimo dokumentą (BPD). Kaimo plėtrai ir Žuvininkystei BPD išdėstytoje strategijoje buvo skirtas 4 prioritetas, pagal kurį 2004–2006 metais skirta 660 mln. litų iš Europos Žemės ūkio orientavimo ir garantijų fondo Orientavimo dalies, Žuvininkystės orientavimo finansinės priemonės bei Lietuvos Respublikos lėšų.
ES struktūrinių fondų parama Žemės ūkiui ir Žuvininkystei padėjo pagerinti ūkių struktūrą, paįvairinti Žemės ūkio veiklą, modernizuoti įmones, laivyną, sudarė sąlygas privačių miškų kaimo vietovių prisitaikymui ir plėtrai. Pagal BPD iš ES struktūrinių fondų buvo remiami struktūriniai Žemės ūkio sektoriaus pokyčiai, skatinama ES kokybės standartus atitinkanti gamyba ir ūkininkavimo metodai, padedantys Lietuvos Žemės ūkio produkcijai konkuruoti ES. ES struktūrinių fondų parama pasinaudojo Žemės ūkio bendrovės, kooperatinės bendrovės (kooperatyvai), ūkininkai, kaimo gyventojai, kaimo bendruomenės, valstybinės institucijos ir privačios įmonės, nevyriausybinės organizacijos, mokymo institucijos, Žvejybos, akvakultūros, Žuvų perdirbimo įmonės, Žvejai, laivų savininkai ir kitos Žemės ūkio sektoriui priklausančios organizacijos. ES struktūrinių fondų lėšomis paremti Žemės ūkio sektoriaus projektai, kurie atitiko BPD nurodytus prioritetus, priemones ir remtinas veiklos rūšis.
Nacionalinė mokėjimo agentūra prie Žemės ūkio ministerijos