Skaidrumas – viena iš kertinių Nacionalinės mokėjimo agentūros veiklos politiką formuojančių vertybių. Siekiant ją puoselėti, pasitelkiamos įvairios priemonės – nuo darbuotojų sąmoningumo ugdymo iki „Pasitikėjimo linijos“, kuri buvo sukurta kaip papildomas informacijos šaltinis paramos administravimo ir panaudojimo skaidrumui užtikrinti.