Šiuo metu aktyviausiai bendradarbiaujama su žemiau išvardintomis organizacijomis. Tačiau NMA yra atvira dialogui ir su kitomis organizacijomis, kurioms svarbūs paramos žemės ūkiui, kaimo plėtrai ir žuvininkystei administravimo klausimai.
-
Asociacija ,,Alternatyvioji akvakultūra”
-
Lietuvos žuvininkystės produktų gamintojų asociacija
-
Lietuvos žuvininkystės regionų vietos veiklos grupių tinklas
-
Nacionalinė akvakultūros ir žuvų produktų gamintojų asociacija
-
Nacionalinė žuvų perdirbėjų ir prekybininkų asociacija
-
Priekrantės verslinės ir rekreacinės žuvininkystės asociacija
-
Vakarų Lietuvos žvejų ir žuvies perdirbėjų konfederacija
-
Žuvininkystes ir laivybos tarpšakinė organizacija
-
Žvejų ir žuvies perdirbėjų asociacija ,,Baltijos žvejas”
-
Žuvininkystės įmonių asociacija ,,Lampetra”
-
Žuvininkystės regionų vietos veiklos grupių tinklas
-
Lietuvos žuvininkystės regionų vietos veiklos tinklas
-
Kaimo plėtros ir verslo konsultantų asociacija
-
Lietuvos žemės ūkio konsultavimo tarnyba
Nacionalinė mokėjimo agentūra prie Žemės ūkio ministerijos